• Hình thức

1. toán, ngữ văn, lịch sử, địa lý = hình thức tự luận.
2. vật lý, sinh học, hóa học, ngoại ngữ (gồm tiếng Anh, Nga, Pháp, Trung, Đức, Nhật) = hình thức trắc nghiệm.

• cấu trúc đề thi tốt nghiệp THPT

1. loại phổ thông: dành cho học sinh học ba ban THPT (phổ thông, tư nhiên, xã hội); THPT kỹ thuật; và học sinh tự do (thi trượt năm trước)
2. loại bổ túc: chương trình bổ túc THPT

• lưu ý

1. phần phân ban (riêng) của đề thi tốt nghiệp THPT sẽ tương ứng với kiến thức chương trình đã được học, không tự ý chọn phần kiến thức khác
2. cơ cấu điểm gồm 80% chung và 20% riêng (phân ban)
3. đề thi tuyển sinh ĐH, CĐ năm 2009 sẽ bám sát chương trình - sách giáo khoa mới => thí sinh tự do phải tự học, bổ sung kiến thức căn cứ vào chương trình - sách giáo khoa mới.

Nguồn

• Thi tốt nghiệp THPT và tuyển sinh ĐH, CĐ năm 2009

7 tiêu chí nhận dạng nhân tài trong khoa học công nghệ trên Tạp chí Tia sáng.

Cụ thể (viết theo thứ hạng ưu tiên):

1. Tiêu chí cao nhất, khó nhất: có công trình được đưa vào sách giáo khoa do một tác giả khác viết dùng làm tài liệu để giảng dạy (định luật, định lý, công thức, phương pháp...) ở các trường Đại học có uy tín.
2. Được các nước là cường quốc về khoa học công nghệ (Mỹ, Nga, Pháp, Anh, Đức…) tài trợ toàn bộ mời sang đọc semina
3. Nhận được nhiều lần tài trợ của các tổ chức khoa học quốc tế có uy tín (ví dụ: IFS- Inter. Found. for Sci., Stockholm, Sweden... hay Humboldt...)
4. Có quan hệ, cộng tác quốc tế về nghiên cứu khoa học công nghệ với những nhà khoa học quốc tế danh tiếng của các cường quốc về khoa học công nghệ (các viện sỹ, các giáo sư) và được họ đánh giá cao
5. Người đầu tiên khởi xướng, triển khai có kết quả một hướng khoa học công nghệ mới ở trong nước và khu vực (đây chính là đầu ngành), thậm chí có vai trò khơi mào cho sự ra đời một hướng, một ngành khoa học mới liên quan.
6. Có nhiều công bố khoa học quốc tế.
7. Giải thưởng khoa học công nghệ có uy tín quốc tế và trong nước

Google sẽ tổ chức ngày hội lập trình viên (DevFest) tại thành phố Hồ Chí Minh. Hãy tham gia để có một ngày coding vui vẻ. Ở đó bạn sẽ được "hack" các sản phẩm của Google từ OpenSocial & App Engine đến YouTube & Google Maps API.

Google sẽ cung cấp không gian, nguồn điện, thức ăn và nước uống. Bạn chỉ cần mang theo laptop của mình (để lập trình) cộng với ý tưởng và sự nhiệt tình để hòa nhập. Quà kỷ niệm là áo phông.

Khi nào: Từ 1:00Pm - 10PM, thứ ba, ngày 4 tháng 11, 2008

Tại đâu: Đại học Bách Khoa TP HCM

Đăng ký: http://code.google.com/events/hackathons/devfest/devfest-saigon.html

Bài viết Giáo dục nhân cách bằng học thuộc lòng sách đạo đức! đả kích những yếu kém trong vấn đề giáo dục nhân cách trẻ. Đó là khuyết điểm của xã hội, nhà trường, giáo viên và cả những bậc làm cha làm mẹ. Dưới đây là những môi trường thường thấy ở gia đình và hệ quả hình thành tính cách của trẻ.

Môi trường sống (Gia đình, nhà trường và xã hội) => Đứa trẻ học được gì

• Giữa những người phê phán => Cách lên án người khác
• Bầu không khí thù địch => Thích choảng nhau
• Không khí hãi hùng (dọa dẫm trẻ) => Thói sợ sệt
• Cảnh đau xót => Sự đồng cảm
• Không khí đố kỵ => Sự tham vọng
• Những người khoan dung => Sự nhẫn nại
• Giữa nguồn động viên => Lòng tin
• Niềm tự hào => Biết phấn đấu
• Sự san sẻ => Lòng hào hiệp
• Trung thực và công minh => Chân lý và lẽ công bằng
• Trong hạnh phúc => Thế giới là nơi tốt đẹp để sống
• Khen tặng đúng lúc => Biết đánh giá cao xung quanh
• Mánh khóe, quà cáp => Coi thường pháp luật

Bài viết nhấn lại bằng lời của nhà hiền triết Aristotle cách đây gần 2500 năm mà được ông Bộ trưởng Tư pháp Anh, Jack Straw trích lại trong buổi nói chuyện với Đại học Luật Hà Nội “Con người, khi hoàn thiện, là loài động vật tiến bộ nhất. Nhưng khi tách rời khỏi luật pháp và công lý lại trở thành loài động vật xấu xa nhất”.

Những quan điểm trên cho thấy trách nhiệm của người lớn đối với thế hệ tiếp nối và một lần nữa bức thư của tổng thống Lincoln (1809-1865) gửi thầy giáo của con mình làm động lòng những bậc cha mẹ. Việc giáo dục trẻ không thể chỉ ỉ lại nhà trường mà phải ở cả trong chính từng gia đình. Hãy quyết định nhân cách của con cái BẠN bằng cách xây dựng môi trường xung quanh nó như thế nào.

Con tôi sẽ phải học tất cả những điều này,

rằng không phải tất cả mọi người đều công bằng,

tất cả mọi người đều chân thật.

Nhưng xin thầy hãy dạy cho cháu biết,

cứ mỗi một kẻ vô lại ta gặp trên đường phố thì ở đâu đó sẽ có một con người chính trực;

cứ mỗi một chính trị gia ích kỉ, sẽ có một nhà lãnh đạo tận tâm.

Dạy cháu rằng cứ mỗi một kẻ thù, cháu sẽ có thêm một người bạn

Bài học này sẽ mất nhiều thời gian, tôi biết;

nhưng xin thầy hãy dạy cho cháu biết rằng

một đồng đôla kiếm được do công sức lao động của mình bỏ ra còn quý giá hơn nhiều so với năm đôla nhặt được trên hè phố…

Xin thầy dạy cho cháu biết cách chấp nhận thất bại và cách tận hưởng niềm vui chiến thắng.

Xin hãy dạy cháu tránh xa sự đố kị.

Và nếu có thể, xin hãy dạy cháu biết được bí quyết của niềm vui chiến thắng thầm lặng.

Hãy để cho cháu biết rằng

những kẻ hay bắt nạt người khác nhất lại là những kẻ dễ bị đánh bại nhất…

Xin hãy giúp cháu nhìn thấy thế giới kỳ diệu của sách…

Nhưng cũng cho cháu có đủ thời gian lặng lẽ

để suy tư về sự bí ẩn muôn thuở của đàn chim tung cánh trên bầu trời,

đàn ong bay lượn trong ánh nắng và những bông hoa nở ngát bên đồi xanh.

Trong trường học, hãy dạy cho cháu rằng

thà thi trượt trong trung thực còn hơn là thi đỗ nhờ gian dối

Xin giúp cháu có niềm tin

vào ý kiến riêng của bản thân,

dù tất cả mọi người xung quanh đều cho rằng ý kiến đó hoàn toàn sai lầm…

Xin hãy dạy cho cháu biết cách đối xử dịu dàng với những người hoà nhã

và cứng rắn với những kẻ thô bạo.

Xin tạo cho cháu

sức mạnh để không chạy theo đám đông khi tất cả mọi người đều chỉ biết chạy theo thời thế.

Xin hãy dạy cho cháu biết phải lắng nghe tất cả mọi người

nhưng cũng xin thầy dạy cho cháu biết cần phải sàng lọc

những gì nghe được qua một tấm lưới chân lý

và chỉ đón nhận những gì tốt đẹp đi qua tấm lưới ấy

Xin hãy dạy cho cháu cách mỉm cười khi buồn bã,

xin hãy dạy cháy biết rằng không có sự xấu hổ trong những giọt nước mắt.

Xin hãy dạy cho cháu biết chế giễu những kẻ yểm thế

và cẩn trọng trước sự ngọt ngào đầy cạm bẫy.

Xin hãy dạy cho cháu rằng có thể bán cơ bắp

và trí tuệ cho người ra giá cao nhất,

nhưng không bao giờ định giá trái tim và tâm hồn mình.

Xin hãy dạy cho cháu ngoảnh tai làm ngơ trước một đám đông đang gào thét

và đứng thẳng người chiến đấu vì những gì cháu cho là đúng…

Xin hãy đối xử dịu dàng với cháu

nhưng đừng vuốt ve nuông chiều cháu,

bởi vì chỉ có sự thử thách của lửa mới tôi luyện nên được những thanh sắt cứng rắn.

Xin hãy truyền cho cháu lòng can đảm

để không phải chịu đựng những bất công…

nhưng hãy làm cho cháu có đủ kiên nhẫn mà tôi luyện dũng khí.

Xin hãy dạy cho cháu biết rằng

cháu phải luôn có niềm tin tuyệt tối vào bản thân,

bởi vì khi đó cháu sẽ luôn có niềm tin tuyệt đối vào nhận loại.

Đây quả là một yêu cầu quá lớn,

nhưng xin thầy cố gắng hết sức mình.

Con trai tôi,

cháu quả thực là một cậu bé tuyệt vời…

Bài viết của Hiệu Minh từ tâm bão tài chính (Washington D.C) đăng trên TuanVietNam khá là sát thực để người dân VN có thể hiểu được cuộc sống ở Hoa Kỳ với giấc mơ Hoa Kỳ cùng với "thước đo đạo đức" dựa trên tiến trình thanh toán nợ. Cuộc khủng hoảng tài chính hiện nay của Hoa Kỳ là do các ngân hàng đã tham lam và cho những người "kém đạo đức" (khả năng thanh toán nợ thấp) vay những khoản tiền lớn quá mức chi trả của họ. Việc những người này mất khả năng trả tiền lãi dẫn đến họ phải bán tháo nhà cửa đã đẩy giá nhà đất xuống thấp. Ngân hàng lúc này để xiết nợ chỉ còn cách thu về một đống nhà cửa cũ với giá trị thấp và không có khả năng thu nợ về. Sự phá sản hoặc làm ăn thua lỗ của các ngân hàng đã kéo theo hàng loạt người làm công ăn lương bị thất nghiệp, những người cũng đang phải trả nợ cho nhà cửa, xe hơi, tivi, tủ lạnh ở nhà mình. Vòng xoáy này chính là hạt nhân của cơn bão tài chính mà chính phủ Hoa Kỳ cần 700 tỷ USD để "cản bão" (trong khi lượng tiền dự trữ ngoại hối của ngân hàng NNVN để đối phó với khủng hoảng tài chính nếu có chỉ là 20 tỷ USD).

Việc hạ viện Mỹ thông qua giải pháp cứu trợ 700 tỷ (để sửa sai cho những ông chủ ngân hàng chứ không phải hỗ trợ những người dân bị ra đường vì mất nhà) không đồng nghĩa với việc cơn bão tài chính đã đi qua. Hậu quả của cuộc khủng hoảng sẽ còn khéo dài đến những tháng đầu năm 2009, không chỉ trên thị trường Hoa Kỳ mà còn khéo theo cả các thị trường tài chính trên thế giới cũng bị ảnh hưởng. Đối với nền kinh tế VN thì cũng sẽ bị ảnh hưởng lớn vì Hoa Kỳ là bạn hàng xuất khẩu lớn nhất của Việt Nam. Giá trị đồng US dollar so với tiền VN đồng có thể sẽ xuống. Thị trường chứng khoán và bất động sản ở VN đang ở trong giai đoạn ảm đạm có lẽ sẽ tiếp tục một kỳ "ngủ đông" kéo dài.

Trước khi bắt đầu quá trình di căn (để biến chuyển thành u ác tính, metastasis), một số tế bào ung thư đã gửi những tín hiệu hóa học đến cơ quan đích để báo hiệu trước quá trình di chuyển này.

Nhóm nhà khoa học Yoshiro và cộng sự tại Đại học Y khoa Phụ nữ tại Tokyo, Nhật bản đã phát hiện ra việc các khối u sơ cấp ở chuột đã tiết ra những nhân tố sinh trưởng để kích thích các tế bào phổi sản sinh những protein hóa ứng động (chemoattractant). Những chất này sẽ lôi kéo các tế bào bạch cầu tới phổi giống như phản ứng viêm (inflammation). Điều này sau đó sẽ khiến các tế bào ung thư di căn đến đây.

Nhóm nghiên cứu này vừa công bố một khám phá mới là những chất hóa ứng động này đã kích thích tế bào phổi tổng hợp và tiết chất amyloid A3 vào máu. Protein amyloid A3 có khả năng dẫn dụ và hoạt hóa các tế bào bạch cầu để thiết lập trạng thái viêm mãn tính để khởi động cho sự xâm nhập của các tế bào ung thư. Kháng thể đặc hiệu đối với amyloid A3 huyết thanh đã cho thấy có thể ngăn chặn quá trình di căn.

Xem thêm

• Toàn văn nghiên cứu trên Nature Cell Biology
• Bài bình luận trên Nature

Với sức phát triển của thị trường tiềm năng ở VN, Google đã lựa chọn tiếng Việt cho các gói ngôn ngữ hỗ trợ dịch thuật (tại http://translate.google.com). Đây là một may mắn cho tiếng Việt (dù đối với các cty CNTT của VN thì có thể ko nghĩ vậy) vì tiếng Thổ Nhĩ Kỳ lại ko có được ưu ái như vậy.

Bạn có thể yêu cầu dịch một đoạn văn từ tiếng Việt sang khoảng 1 chục ngôn ngữ khác (thường máy dịch sẽ dùng tiếng Anh làm trung gian) hoặc ngược lại. Thậm chí có thể yêu cầu dịch nguyên một website.

Hãy xem trang chính của tủ sách được dịch sang tiếng Anh như thế nào bởi máy dịch của Google qua link này. Điều đặc biệt là bạn có thể tham gia gợi ý các kết quả dịch để máy dịch có thể học tập và hoàn thiện việc dịch thuật tốt hơn.

Anh được một bữa cười vỡ bụng khi tên mình được Google dịch thành "Nguyen Ba Next". Hiếu thử kiểm tra xem có khi tên Hiếu được dịch thành "High Spring Hieu" rồi! Veterinary ^{(thảo luận)} 15:57, ngày 30 tháng 9 năm 2008 (EDT)

Vừa qua, Cục khảo thí của Bộ GD.ĐT cũng phát triển một dự án nhằm sưu tầm và sau đó biên soạn, thẩm định, chỉnh sửa, chọn lựa đề thi từ các trường THCS. Trước hết, hoạt động này chứng tỏ những lợi ích rõ ràng từ việc lưu trữ các đề thi từ các cấp học, các môn học mà Thư viện Đề thi VLOS đã tiến hành. Tuy nhiên, theo tôi việc quan trọng hơn là phải 1) thiết kế những công cụ để HS và GV khai thác tốt nhất nguồn dữ liệu này cho hoạt động học tập và giảng dạy; và 2) huy động được trí tuệ của tập thể các GV trên khắp cả nước hơn là đơn thuần dựa vào kết quả thẩm định của Cục khảo thí (khi mà thậm chí Sách giáo khoa vẫn còn nhan nhản những lỗi cần khắc phục).

• Những điểm chỉnh sửa trong SGK 2008

Bài viết của Nguyễn Ngọc Phương chỉ ra những bất cập thường gặp của ng phát triển site ở VN hiện nay là tiêu một lượng lớn vốn để quảng bá site nhằm tăng lượng truy cập nhưng lại yếu kém trong việc giữ chân khách viếng thăm cũng như nghiên cứu hành vi người sử dụng, các dịch vụ tư vấn về tính tiện dụng của Website.

Để đánh giá mức độ thành công của một Site, chúng ta có thể sử dụng công thức sau:

B = V × C × L

Trong đó:

• B: số hoạt động nghiệp vụ hoàn thành trên Website
• V: số người truy nhập duy nhất vào Website
• C: tỉ lệ chuyển đổi ( tỉ lệ phần trăm người truy nhập trở thành khách hàng). Tỉ lệ chuyển đổi có thể áp dụng cho các loại hình Website kể cả Trang thông tin điện tử (Tỉ lệ chuyển đổi ở Báo điện tử sử dụng để đo tỉ lệ những người sử dụng vào Site để đăng ký newsletter, đăng ký thành viên, lấy RSS, nhấn quảng cáo,...)
• L: tỉ lệ trung thành ( mức độ khách hàng quay lại để thực hiện các hoạt động nghiệp vụ)

Trong ba chỉ số V, C, L, chi phí để tăng C là thấp nhất sau đó đến L và V.

Bài viết "Việt Nam đang đi theo triết lý giáo dục nào?" của GS Chu Hảo viết trên Tuần VN rất đáng quan tâm. Tác giả đã phác họa lại con đường nhân loại đi tìm triết lý giáo dục. Từ việc so sánh những triết lý đó với hiện trạng nền GD VN để cho thấy một sự định hướng ngược chiều với phát triển văn minh nhân loại. Tác giả cũng nêu ra những bất cấp lớn của nền GD cùng với các đề xuất cấp bách cũng như chiến lược để xây dựng một nền GD mới chứ ko chắp vá và khắc phục.

Theo GS Chu Hảo 5 bất cập lớn đã tồn tại hàng chục năm nay ở nền GD VN là:

1. Hệ thống GDQD của chúng ta không đồng bộ, không liên thông, mất cân đối trầm trọng.

2. Nội dung giáo dục (chương trình, sách giáo khoa) của chúng ta bất cập về mặt khoa học, rất nặng nề về thời lượng và nhiều nội dung không thiết thực.

3. Phương pháp dạy và học ở các cấp đều lạc hậu, cơ sở vật chất và kỹ thuật quá thiếu thốn.

4. Công tác quản lý giáo dục yếu kém thể hiện ở ba mặt: Tài chính công được sử dụng kém hiệu quả và không minh bạch; Thiếu vắng hẳn đội ngũ chuyên gia về phát triển chương trình giáo dục; Không coi trọng hệ thống đo lường, trắc nghiệm để đánh giá giáo dục một cách khách quan và thường xuyên.

5. Chưa đủ hệ thống pháp luật để đảm bảo hành lang pháp lý cho các hoạt động giáo dục. Chẳng hạn chưa có văn bản luật pháp điều chỉnh hoạt động của các trường tư bất vụ lợi, là loại trường tư cần được khuyến khích, trong khi đó đã có quy định cụ thể cho các trường tư (cổ phần) vì lợi nhuận, là loại trường chưa hẳn đã nên được khuyến khích thành lập tràn lan dưới danh nghĩa “xã hội hóa”

• Việt Nam đang đi theo triết lý giáo dục nào? Toàn văn bài viết trên VNN

Sự ra đời của các dạng sống đa bào là một sự bước tiến hóa lớn trong quá trình tiến hóa của các cơ thể sinh vật phức tạp. Trong đó, sự biệt hóa và xoang hóa tế bào (cellular compartmentalization) là một hệ quả tự nhiên của con đường tiến hóa này, và nó đã góp phần phát sinh hàng loạt các domain protein với chức năng tăng cường giao tiếp giữa các tế bào. Tuy nhiên, các sự kiện dẫn đến bước chuyển tiến hóa này chưa được làm sáng tỏ.

Lúc đầu, phân tử O2 chỉ là các sản phẩm thải từ quá trình trao đổi chất của sinh vật, lần đầu được sản sinh vào khí quyển là khoảng 3 tỷ năm trước. Điều này đã dẫn đến một thời điểm bùng nổ oxi phân tử lần đầu vào 2,2 tỷ năm trước và lần 2 vào 1 tỷ năm trước. Người ta cho rằng chính sự kiện bùng nổ oxy lần 2 là động lực cho sự xuất hiện các dạng sống phức tạp hình thành ở kỷ Cambrian vào khoảng 543 triệu năm trước. Sau đó, vào khoảng 425 triệu năm trước đây, lượng O2 là nhân tốt chính trong quá trình thích nghi của động vật có xương và côn trùng dưới nước đối với cuộc sống trên cạn. Theo đó, các phân tích tiến hóa chỉ ra rằng vào khoảng 2,3 tỷ năm trước một mối liên hệ tương quan giữa việc phức tạp hóa cơ thể và việc tăng cường quá trình trao đổi chất hiếu khí (Nature 2007).

Người ta đưa ra 2 giả thuyết về mối liên hệ tương quan này, và cả 2 đều liên quan đến hiệu năng trao đổi chất. Thứ 1, so với các dạng sống yếm khí tổ tiên, những tế bào hô hấp bằng oxy là những cỗ máy chuyển hóa năng lượng có hiệu quả cao hơn. Bởi vì các tế bào có thể sử dụng O2 là chất nhận điện tử trong quá trình hô hấp và bởi vì oxy có thế năng khử cao nên năng lượng sản sinh từ việc tiêu dùng các nguồn dinh dưỡng cao hơn. Giả thuyết thứ 2 liên quan đến sự quát sát cho rằng O2 phân tử cho phép các phản ứng trao đổi chất diễn ra nhanh hơn gấp ngàn lần so với ở các điều kiện yếm khí.

Và nay, Acquisti et al. đưa ra giả thuyết thứ 3 liên quan đến sự kiềm chế về mắt chức năng. Acquisti et al. 2007 đã phát hiện mối tương quan giữa thời điểm xuất hiện xoang hóa nội bào và nồng độ oxy trong khí quyển. Các tác giả giả định rằng lượng oxy khí quyển đã ảnh hưởng đến thành phần của các protein xuyên màng, và rằng những nhóm phân loại cổ xưa (vi khuẩn và archaea) đã phải bỏ bớt nguyên tố oxy từ các protein xuyên màng với lượng oxy thấp khi so sánh với các nhóm phân loại tiến hóa hơn (eukaryote). Họ cho rằng sự kiềm chế này đã được giải phóng dần dần khi nồng độ oxy trong khí quyển tăng lên và dẫn tới sự tăng số lượng và kích thước các receptors. Họ cũng đề xuất rằng nồng độ oxy khí quyển quyết định đến thời điểm xoang hóa nội bào trong lịch sử tiến hóa bằng cách kiểm soát kích thước của các domain cần thiết cho giao tiếp tế bào.

Bộ GD – ĐT đã đưa ra 5 yêu cầu đối với việc đổi mới phương pháp dạy học của giáo viên (GV), đó là:

1. Phát huy tính tích cực, hứng thú trong học tập của học sinh (HS) và vai trò chủ đạo của GV;
2. Thiết kế bài giảng phải khoa học, sắp xếp hợp lý hoạt động của GV và HS, tránh nặng nề quá tải;
3. Cần tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin trong giảng dạy, khuyến khích sử dụng hợp lý giáo án điện tử;
4. Sử dụng ngôn ngữ chuẩn xác, sinh động, dễ hiểu và tác phong của người GV phải thân thiện;
5. Coi trọng đúng mức hơn nữa tới việc giúp đỡ HS yếu kém, dạy sát đối tượng.

Vừa qua có 2 công trình trên tạp chí Tế bào (Cell) đã khám phá ra chức năng của một protein vừa có chức năng điều khiển nhịp sinh học cơ thể mà lại có tuổi thọ ngắn và liên quan đến quá trình trao đổi chất tế bào.

Protein này gọi là SIRT1 được Ueli Schibler và cộng sự ở đại học Geneva (Thụy Sĩ) chứng minh là thiết yếu cho quá trình biểu hiện bình thường của các gene đồng hồ quan trọng. Trong khi đó, Paolo Sassone-Corsi và cộng sự từ trường đại học California (Irvine, Hoa Kỳ) phát hiện rằng nếu loại bỏ gene mã hóa SIRT1 khỏi DNA của các tế bào gan thì nhịp sinh học của chuột bị gián đoạn.

Cả 2 nhóm trên đều cho thấy SIRT1 hình thành phức hệ với protein CLOCK, một protein đóng vai trò chính trong việc điều khiển đồng hồ cơ thể. Bởi vì hoạt tính của SIRT1 phụ thuộc vào NAD+, một chất trao đổi nội bào nên protein này đã hình thành mối liên hệ phân tử giữa các quá trình trao đổi chất và đồng hồ sinh học cơ thể.

Nguồn

1. Cell 134, 317–328 (2008)
2. Cell 134, 329–340 (2008)

Phân tích những thay đổi về biểu hiện gene là một trong những nhiệm vụ quan trọng trong các nghiên cứu ở lĩnh vực sinh học phân tử. Những kỹ thuật định lượng mức độ phiên mã của một gene thường được áp dụng phổ biến là Northern blot, slot/dot blot, DNA arrays và PCR phiên mã ngược (RT-PCR). Trong đó, RT-PCR là phương pháp có độ nhạy và độ chính xác cao.

Thông thường, cách thức xác lập các đường chuẩn hay mẫu đối chứng là rất quan trọng trong nghiên cứu định lượng. Một số trường hợp định lượng thường dựa trên mức độ biểu hiện của các housekeeping genes. Tuy nhiên, trong các điều kiện thí nghiệm ngặt nghèo (vd. nghiên cứu phản ứng của vi khuẩn trong các điều kiện đói dinh dưỡng hoặc bị stress) thì các housekeeping cũng bị ảnh hưởng và không giữ ổn định giữa mẫu đối chứng và các mẫu thí nghiệm. Phương pháp giới thiệu dưới đây sử dụng đường chuẩn ngoài mẫu được xây dựng từ chính những transcript của gene nghiên cứu được tạo ra từ T7 RNA polimerases và định lượng bằng hệ thống LightCycler của Roche.

Tách RNA tổng số

• Tế bào vi khuẩn được phá bằng máy RiboLyser. RNA tổng số được tách từ tế bào theo phương pháp acid Phenol sử dụng kit MagNA Pure LC RNA isolation của Roche và tự động hóa dưới điều khiển của hệ thống KingFisher.
• Độ sạch, độ toàn vẹn và nồng độ của RNA tổng số có thể kiểm định bằng RNA 6000 Nano Chip trên hệ thống Agilent 2100 Bioanalyzer.

Khuyếch đại đoạn phiên mã bằng PCR và T7 RNA polymerase

• Thiết kế primer nhân 1 đoạn đặc hiệu trên vùng mang mã của gene với kích thước trên dưới 300bp. Trên primer reverse đặt thêm vùng T7 promoter phía đầu 5' (có thể dùng trình tự T3 hay SP6 promoter nếu muốn sử dụng enzyme RNA Polymerase tương ứng).
• Khuyếch đại đoạn phiên mã bằng cặp mồi trên từ khuôn là DNA của vi khuẩn. Tinh sạch sản phẩm PCR.
• Dùng sản phẩm PCR làm khuẩn để tổng hợp các đoạn phiên mã tương ứng bằng enzyme T7 RNA polymerase. Thủy phân khuôn DNA bằng cách xử lý mẫu với DNAseI và định lượng nồng độ đoạn phiên mã bằng NanoDrop.

Xây dựng đường chuẩn nồng độ đoạn phiên mã

• Pha loãng các đoạn phiên mã thành các dung dịch chứa 20 ul của 2.2 E+9, 2.2 E+8, 2.2 E+7, 2.2 E+6 và 2.2 E+5 phân tử phiên mã cùng với 10ug của MS2 RNA (từ phage). Mẫu đối chứng âm chứa 10ug MS2 RNA.
• Định lượng mRNA của các dung dịch pha loãng trên và mẫu đối chứng âm dùng hóa chất của bộ kit RNA Master SYBR Green I. Mỗi mẫu lặp 2 lần.
• Chu trình nhiệt của phản ứng định lượng gồm 1) phiên mã ngược tại 61°C trong 20min; 2) biến tính khuôn (hot start 95°C 2min); 3) chu trình khuyếch đại và thu nhận tín hiệu huỳnh quanh từ SYBR Green I tại giai đoạn chuyển từ bước khuyếch đại sau mỗi chu kỳ sang bước biến tính tiếp theo; 4) biến tính sản phẩm tăng dần từ 65°C đến 95°C với tốc độ 0.1°C/s và thu nhận tín hiệu huỳnh quang liên tục
• Phân tích tính đặc hiệu của phản ứng PCR thông qua phân tích đường biến tính sản phẩm. Thông thường nếu phản ứng đặc hiệu thì sẽ xuất hiện 1 peak duy nhất. Nếu có peak thứ 2 thấp hơn và có ở cả mẫu đối chứng âm (thường bị biến tính hoàn toàn trước khi nhiệt độ tới 80°C thì đấy là peak của primer-dimer)
• Phân tích độ nhạy của phản ứng và độ tương quan giữa sản phẩm tạo thành và nồng độ khuôn ban đầu thông qua đường biểu diện nồng độ sản phẩm sau mỗi chu kỳ. Khi biểu diện đường này dưới dạng một đường tuyến tính thì độ dốc cho phép nằm trong khoảng từ -5.7 đến -2.9.
• Xuất kết quả thành đường chuẩn độ ngoài để sử dụng cho việc định lượng nồng độ mRNA đặc hiệu cho gene tương ứng ở các mẫu thí nghiệm.

Liên kết ngoài

• Quantification of Bacterial mRNA by One-Step RT-PCR Using the LightCycler System Biochemica (Roche, 2003).
• Weight to Molar Quantity (for nucleic acids) dùng để tính toán và chuyển đổi các loại nồng độ, phân tử lượng, số phân tử .v.v

• Tác giả Bryan Appleyard có bài đăng trên báo Anh The Sunday Times về ảnh hưởng của công nghệ cao đối với sự tập trung của con người. ICTNews đang dịch lại bài này dưới tên gọi Tại sao thế hệ Google lại kém thông minh?

Lập luận của tác giả như sau:

1. Triệu chứng mất tập trung "kinh niên" sẽ gây người ta bị stress và ảnh hưởng đến hoạt động bình thường của não bộ.
2. Việc này khi khuyếch đại lên thì sẽ có thể tạo nên một thế hệ con người kém khả năng tập trung, dành nhiều thời gian cho một đối tượng và đào sâu những lớp ngữ nghĩa phía sau của văn bản.
3. Tác giả cho rằng chính công nghệ thông tin đã góp phần gây ra hiệu ứng này vì sự quá tải của thông tin. (khi google 1 từ khóa sẽ cho ra hàng ngàn địa chỉ mạng)

Bạn có đồng ý với lập luận này không?

TV = thành viên, NQT = người quản trị

Đa số các trang web về lĩnh vực giáo dục, khoa học và công nghệ hiện nay chủ yếu là web 1.0 và một số web 2.0 dạng 4rum, CMS dưới một số "mô thức" sau:

1. nội dung từ người dùng phải qua sự kiểm duyệt và được đăng bởi nhà quản trị. cập nhật bởi nhà quản trị.
2. người dùng trực tiếp upload file ở định dạng "cứng". Cập nhật không thường xuyên và linh động.
3. người dùng không phải là tác giả hoặc nhà quản trị thì không có khả năng cập nhật thông tin

==> hệ thống wiki của VLOS hiện là wiki duy nhất tiếng Việt hoạt động ở mảng giáo dục, khoa học và công nghệ. => đã có những khắc phục sau:

1. người dùng đóng góp trực tiếp nội dung
2. nội dung được cập nhật trực tuyến. Yêu cầu máy khách là tối thiểu.
3. hỗ trợ soạn thảo theo nhóm /cộng đồng và soạn thảo mở
4. Phần thảo luận được tách biệt khỏi nội dung chính
5. Mọi phiên bản theo thời gian của trang viết đều được lưu lại tách rời và có khả năng phục hồi. Điều này gần như "không thể" ở các dạng web khác. Người dùng qua đó có thể theo dõi lịch sự vận động của bài viết và can thiệp ở từng giai đoạn nếu muốn để có một phiên bản hoàn chỉnh hơn cũng như khắc phục những "lỗi" / "sai lầm" của thành viên khác

==> hệ thống wiki của VLOS tiên tiến hơn các wiki quốc tế khác (Wikipedia, Citizendium, Knol .v.v) ở các điểm

1. bản quyền đa dạng
2. phân quyền tác giả => tạo cấp thành viên ưu tiên
3. tích hợp nhiều công cụ web 2.0 => tương tác nhiều chiều với thành viên => cho điểm bài viết, thảo luận mở, chat trực tuyến, diễn đàn nội wiki, chức năng blog và microblog nội wiki
4. đặc tính cộng đồng trực tuyến wiki => tăng cường giao tiếp, liên hệ giữa thành viên => qua chức năng kết bạn, tính điểm đóng góp thành viên, thảo luận công khai và riêng tư, gửi thảo luận theo nhóm, thành lập các câu lạc bộ chuyên biệt, chia sẻ status thành viên
5. phát triển web ý thức (thế hệ web 3.0). Thành lập các quan hệ ngữ nghĩa và gán các thuộc tính này cho bài viết tạo công cụ phân tích và tìm kiếm nhiều chiều và tự động

• Hệ thống nhận biết mật độ (quorum sensing) của vi khuẩn thường tập trung ở nhóm Lux proteins. Ở Rhodopirellula có 3 proteins (RB9402, RB9404 và RB7590) thường được chú thích là các (zinc) proteinases.
• Reva 2008 cho rằng vi khuẩn cần những gene có kích thước lớn (tạo các protein to) thường là dành cho protein bề mặt hoặc enzyme tổng hợp polyketide/non-ribosomal peptide. Phần lớn protein bề mặt có tính acid, giầu threonine, ko có cystein và chứa nhiều trình tự aa lặp. Có lẽ protein khổng lồ có tác dụng như những vũ khí tấn công hoặc phòng thủ đối với các thiên địch của vi khuẩn.
• Weiner et al 2008 giải mã trình tự hệ gene của vi khuẩn Saccharophagus degradans, một vi khuẩn biển chuyên phân hủy carbonhydrate. Tác giả cho rằng vi khuẩn này mang 1 lượng lớn enzyme phân hủy. Đồng thời tác giả có quan sát thấy có sự tổ hợp "bất thường" của những module gắn cơ chất với module thủy phân. Người phản đối cho rằng nhóm tác giả đã bị bias số liệu về nhóm polysaccharide lyases trong khi đáng nhẽ phải mở rộng cho toàn bộ hệ enzyme thủy phân carbonhydrate.
• Trên CAZy database cho thấy R. baltica có 33 Glycoside Hydrolase Family, 60 GlycosylTransferase Family, 5 Polysaccharide Lyase Family, 24 Carbohydrate Esterase Family, 7 Carbohydrate-Binding Module Family (tổng 129, ~ 17,9 gene trên megabase). So với Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) có số gene liên quan phân hủy polysacharide cao nhất gồm 82 predicted glycosyl hydrolases, 45 glycosyl transferases, 5 polysaccharide lyases, 18 carbohydrate esterases and 2 carbohydrate binding proteins (tần số 29.9 gene trên megabase, tổng 152). So với Saccharophagus degradans 2-40, số gene tương ứng là 128, 37, 32, 15 và 136 (khủng tổng 348 gene, 69.6 gene trên megabase) => good point
• Nhóm protein MoxR AAA+ là một nhóm protein có hoạt tính ATPases khá đa dạng được phát hiện ở giới vi khuẩn và Archaea mà không có ở eukaryote. Dựa vào tính tương đồng của trình tự có thể chia các protein trong nhóm này thành 7 nhóm nhỏ gồm MoxR Proper (MRP), TM0930, RavA, CGN, APE2220, PA2707, và YehL. Những protein này được cho là có chức năng giống chaperone và có lẽ tương tác với các protein có domain VWA để gắn những cofactor kim loại để hoạt hóa hoặc tạo cấu trúc chức năng của các protein hoặc các phức hệ protein. Trong số các nhóm MoxR thì nhóm MoxR proper (MRP)là nhóm lớn nhất (287/596 trình tự, 48.2%) và phổ biến nhất (155/275 loài). Trong tất cả các loài nghiên cứu thì Rhodopirellula baltica SH1 là loài có nhiều trình tự MRP nhất (15 trình tự). MRP không có mặt ở bất kỳ vi khuẩn enterobacteria nào. Ngoài MRP, R. baltica còn có 1 đại diện của nhóm YehL và TM0930. Một số dữ liệu cho thấy MoxR có chức năng đối với những protein nằm sát cạnh trên genome, ví dụ các enzyme methanol dehydrogenase (MDH).
• Tripartite drug efflux pumps:
  • Three's company: component structures bring a closer view of tripartite drug efflux pumps
  • Bacterial Multidrug Efflux Pumps Serve Other Functions
  • Assembly of the MexAB-OprM Multidrug Pump of Pseudomonas aeruginosa: Component Interactions Defined by the Study of Pump Mutant Suppressors
• Annual Review of Microbiology
  • The Impact of Genome Analyses on Our Understanding of Ammonia-Oxidizing Bacteria
  • Cytoskeletal Elements in Bacteria
  • Biogenesis of the Gram-Negative Bacterial Outer Membrane
• TRAP
  • Tripartite ATP-Independent Periplasmic Transporters: Application of a Relational Database for Genome-Wide Analysis of Transporter Gene Frequency and Organization

Tế bào lympho T sau khi nhận diện tế bào đích qua kháng nguyên đặc hiệu thì biệt hóa thành 2 dòng tế bào, T CD4+ và T CD8+. T CD8+, hay gọi là T gây độc là tế bào trực tiếp tiết chất độc gây chết các tế bào đích. Trong khi đó, T CD4+ (T bổ trợ) thì hoạt hóa các tế bào chức năng miễn dịch nhằm đem lại một hiệu quả tổng hợp đối với tế bào đích

• Chữa bệnh ung thư bằng liệu pháp miễn dịch đã được đề xuất và thử nghiệm từ năm 1987 bằng việc tiêm một lượng lớn interleukin-2. Người ta đã cho rằng liệu đây có phải là điểm khởi đầu trong trận đánh cuối cùng chống ung thư ( the beginning of the end) hay chỉ mới kết thúc giai đoạn khai cuộc (the end of the beginning) của một cuộc chiến khốc liệt.
• Việc chữa trị ưng thư thường gây nhưng hiệu ứng phụ nghiêm trọng vì căn bản hệ miễn dịch không thể nhận biệt đặc thù tế bào ung thư bởi những tế bào này cũng chính là từ cơ thể sinh ra.
• Bằng cách lợi dụng một kháng nguyên bề mặt NY-ESO-1 đặc hiệu với tế bào ung thư da (melanoma), Hunder và cộng sự đã chọn lọc thành công dòng tế bào lympho T CD4+ có tác dụng chuyên biệt lên tế bào ung thư da  ¹.
• Những nhà khoa học đến từ Trung tâm nghiên cứu ung thư Fred Hutchinson tại Seattle (USA) đã áp dụng liệu pháp này trên 9 người bệnh nhân mắc bệnh ung thư da giai đoạn cuối. Tế bào miễn dịch trong huyết thanh của các bệnh nhân được thu nhận và chọn lọc đặc hiệu dòng tế bào T CD4+ phản ứng với kháng nguyên NY-ESO-1. Quần thể tế bào T bổ trợ chuyên biệt này (khoảng 5 tỉ tế bào) được tiêm trở lại các bệnh nhân mà không sử dụng bất kỳ liệu pháp bổ trợ nào khác.
• Một người đàn ông 52 tuổi đến từ Oregon là người DUY NHẤT trong nhóm bệnh nhân được điều trị bằng liệu pháp này đã bình phục và các khối u trên người đã biến mất hoàn toàn sau 2 năm. 8 bệnh nhân còn lại thì không có dấu hiệu khả quan.
• T CD4+ là dòng tế bào lympho T có tác dụng bổ trợ và hoạt hóa các dòng tế bào miễn dịch chứ không có tác dụng tiêu diệt trực tiếp tế bào đích như T CD8+ (T gây độc). Các nghiên cứu trước đây tập trung trên CD8+ không đem lại kết quả tương tự.
• Kết quả này mở ra một hướng điều trị ung thư mới mà các hiệu ứng phụ bị giảm đáng kể.

1: Treatment of Metastatic Melanoma with Autologous CD4+ T Cells against NY-ESO-1, New England Journal of Medicine, 2008.

2:  Nhân bản tế bào miễn dịch để điều trị ung thư VNexpress

Tế bào lympho T sau khi nhận diện tế bào đích qua kháng nguyên đặc hiệu thì biệt hóa thành 2 dòng tế bào, T CD4+ và T CD8+. T CD8+, hay gọi là T gây độc là tế bào trực tiếp tiết chất độc gây chết các tế bào đích. Trong khi đó, T CD4+ (T bổ trợ) thì hoạt hóa các tế bào chức năng miễn dịch nhằm đem lại một hiệu quả tổng hợp đối với tế bào đích

• Chữa bệnh ung thư bằng liệu pháp miễn dịch đã được đề xuất và thử nghiệm từ năm 1987 bằng việc tiêm một lượng lớn interleukin-2.
• Việc chữa trị ưng thư thường gây nhưng hiệu ứng phụ nghiêm trọng vì căn bản hệ miễn dịch không thể nhận biệt đặc thù tế bào ung thư bởi những tế bào này cũng chính là từ cơ thể sinh ra.
• Bằng cách lợi dụng một kháng nguyên NY-ESO-1 đặc hiệu với tế bào ung thư da (melanoma), Hunder và cộng sự đã chọn lọc thành công dòng tế bào lympho T CD4+ có tác dụng chuyên biệt lên tế bào ung thư da  ¹.
• Những nhà khoa học đến từ Trung tâm nghiên cứu ung thư Fred Hutchinson tại Seattle (USA) đã áp dụng liệu pháp này trên 9 người bệnh nhân mắc bệnh ung thư da giai đoạn cuối. Tế bào miễn dịch trong huyết thanh của các bệnh nhân được thu nhận và chọn lọc đặc hiệu dòng tế bào T CD4+ phản ứng với kháng nguyên NY-ESO-1. Quần thể tế bào T bổ trợ chuyên biệt này (khoảng 5 tỉ tế bào) được tiêm trở lại các bệnh nhân mà không sử dụng bất kỳ liệu pháp bổ trợ nào khác.
• Một người đàn ông 52 tuổi đến từ Oregon là người DUY NHẤT trong nhóm bệnh nhân được điều trị bằng liệu pháp này đã bình phục và các khối u trên người đã biến mất hoàn toàn sau 2 năm. 8 bệnh nhân còn lại thì không có dấu hiệu khả quan.
• T CD4+ là dòng tế bào lympho T có tác dụng bổ trợ và hoạt hóa các dòng tế bào miễn dịch chứ không có tác dụng tiêu diệt trực tiếp tế bào đích như T CD8+ (T gây độc). Các nghiên cứu trước đây tập trung trên CD8+ không đem lại kết quả tương tự.
• Kết quả này mở ra một hướng điều trị ung thư mới mà các hiệu ứng phụ bị giảm đáng kể.

1: Treatment of Metastatic Melanoma with Autologous CD4+ T Cells against NY-ESO-1, New England Journal of Medicine, 2008.

Công nghệ mRNA Seq khá đơn giản gồm 3 bước phá nhỏ mRNA hoặc cDNA, tổng hợp cDNA từ mRNA và gắn linker. Trật tự 3 bước này có thể đảo chỗ cho nhau như trường hợp a, b và c.

Nguồn: Molecular biology: Power sequencing Nature 453, 1197-1198 (26 June 2008)

• Công nghệ giải mã hiện giờ mỗi một phản ứng giải trình tự gene thường được khoảng 800 - 1000 nucleotide. Bằng cách giải mã từng BAC clones theo hướng short-gun thì một dự án giải mã genome lớn như lúa hay người mất đến vài năm.
• Các nhà khoa học đã cho ra đời một công nghệ giải mã mới (454 của 454 Life Sciences, Solexa của Illumina và SOLiD của ABI) có thể cùng một lúc chạy từ vài trăm ngàn cho đến chục triệu trình tự trong 1 phản ứng. Tuy nhiên, những trình tự kết quả này chỉ có kích thước từ vài chục nucleotide (Solexa và SOLiD) hoặc khoảng 400 nucleotide (công nghệ 454). Các trình tự ngắn này sẽ được nối thành một trình tự liên tục bằng thuật toán tin sinh học. Điều này đã mở ra một kỷ nguyên mới để một lab sinh học phân tử trung bình có thể giải mã một genome của một sinh vật mới chỉ trong vài tuần với chi phí vào khoảng vài ngàn USD.
• Bài báo trên Nature mới đăng đã ứng dụng công nghệ giải mã thế hệ mới trên cho trường hợp mRNA. Ý tưởng này có thể thay thế công nghệ dựng ngân hàng EST cổ điển hoặc thậm chí kỹ thuật microarray hiện đang thịnh hành.
• Công nghệ này gọi là mRNA-Seq đã được thử nghiệm xây dựng transcriptomes trên Saccharomyces pombe ¹, Saccharomyces cerevisiae ², Arabidopsis thaliana ³ và chuột  ⁴,  ⁵. Đáng chú ý là công trình trên S. pombe  ¹ đã giải mã 122 triệu trình tự có kích thước cỡ 39bp, những trình tự nhỏ này khi được tổ hợp lại thì chiếm gần 5Gb nghĩa là gấp 250 lần hệ genome của sinh vật này.
• Công nghệ mRNA-Seq được cho rằng có thể nhận diện gene đã biết, khám phá gene mới, xác định vị trí các intron ¹, khám phá các mô hình tổ hợp mRNA (mRNA splicing)  ⁴, ⁵ và thậm chí có thể định lượng mRNA ³.

Tài liệu tham khảo

1: Wilhelm, B. T. et al. Nature 453, 1239–1243 (2008).

2: Nagalakshmi, U. et al. Science doi: 10.1126/science.1158441 (2008).

3: Lister, R. et al. Cell 133, 523–536 (2008).

4: Mortazavi, A., Williams, B. A., McCue, K., Schaeffer, L. & Wold, B. Nature Methods doi: 10.1038/nmeth.1226 (2008).

5: Cloonan, N. et al. Nature Methods doi: 10.1038/nmeth.1223 (2008).

• Lập thẻ ADN cá nhân: Vừa nhận huyết thống, vừa chữa bệnh

Ý tưởng của GS Lương rất hay và phù hợp với điều kiện VN. Kỹ thuật để thực hiện khá đơn giản, bất cứ 1 lab sinh học phân tử thông thường nào cũng dễ dàng thực hiện được. Bài toán chính lại là nằm ở giá thành và nhu cầu khách hàng.

Vấn đề cực kỳ quan trọng ở đây là tính pháp lý của kiểu xét nghiệm này. Xét nghiệm được thực hiện tại Trung tâm phân tích ADN và công nghệ di truyền (Hà Nội) là một đơn vị doanh nghiệp tư nhân? không thuộc Bộ Công An cũng như Bộ Y tế. Như vậy thẻ DNA do trung tâm tạo ra liệu có thể coi là bằng chứng trước tòa án (nếu có tranh tụng) hay là dấu hiệu bệnh lý để gợi ý cho bác sĩ để tìm phương thức điều trị? Như vậy có khả năng là nếu có kết quả dương tính hoặc "có vấn đề" thì cá nhân phải tiến hành xét nghiệm DNA lại tại các cơ quan có chức năng.

Mặc dù với những khó khăn kể trên, nỗ lực của Trung tâm là cực kỳ đáng hoan nghênh. Nó đem những ứng dựng kỹ thuật công nghệ cao lại gần đời sống người dân. Điều này không những nâng cao dân trí mà còn huy động một nguồn vốn nhất định từ người dân vào các nghiên cứu ứng dụng, trong khi hầu hết các nghiên cứu ở VN vẫn phải sử dụng bầu sữa mẹ là ngân sách nhà nước (tiền đóng thuế của người dân hay tiền vay của nước ngoài).

• Anaerobic Sulfatase-maturating Enzymes, First Dual Substrate Radical S-Adenosylmethionine Enzymes JBC 2008 => Sulfatases are widely distributed in eukaryotes and prokaryotes (1) due to their biological significance and their high substrate versatility. Sulfatases are involved in the metabolism of various compounds ranging from small organic molecules to macromolecules such as mucins and glycosaminoglycans (1). They are usually considered to be restricted to sulfate supply but they probably also have other functions that remain to be explored. Consequently, sulfatase genes are identified in many bacterial genomes and metagenomes notably from those arising from marine and gut environments (10, 26–28). Despite their functional importance, little is known about sulfatase maturation. Until recently, it was thought that an enzymatic system, formylglycine generating enzyme, was dedicated to the maturation of Cys-type sulfatases (29, 30) and another, AtsB, to the Ser-type sulfatases (3).

Tủ sách VLOS vừa giới thiệu công cụ take note nhanh để mọi người có thể dễ dàng đăng tải các suy nghĩ, kiến thức hay kinh nghiệm của mình trong các lĩnh vực giáo dục, khoa học và công nghệ. Bạn hãy click vào nút viết note nằm ở trên cùng của trang web bên cạnh chữ thảo luận với tôi và lựa chọn của tôi. Danh sách các note mới nhất có thể truy cập tại trang Ghi chú nóng ở thanh dẫn lái luôn nằm bên tay trái của trang web.

Bạn có thể sửa dụng tất cả các mã soạn thảo wiki trên các ghi chú của mình. Chúc các bạn vui vẻ,

Blogging, tumblelogging & micro-blogging

• Twitter đã trở thành một biến hóa mới của blog, với nhưng thông điệp ngắn gọn, đi thẳng vào vấn đề, giúp bạn bè và người thân của bạn biết chính xác bạn đang làm gì, ở đâu, vào bất cứ thời điểm nào trong ngày.
• Tumblelog được gọi như vậy bởi nó giống với một chuỗi những suy nghĩ của tumblelogger về những sự kiện đang xảy ra, như đợt sóng xô khỏi não bộ, vào máy tính, rồi lên mạng internet. Có một blog truyền thống đồng nghĩa với tất tật những thứ phụ gia đi kèm với nó. Một thiết kế sành điệu, một khu vực lưu trữ có thể tìm kiếm được, hàng mớ liên kết, widget cũng như comment, trackback khiến cho trang chủ mỗi blog trở nên quá mức rắc rối.
• Tumblelog cũng như thể loại punk rock của blog. Nó gạt bỏ tất cả những thứ thừa thãi và tập trung vào nội dung: những suy nghĩ ngắn, những dòng trích dẫn, những bức ảnh, đoạn nhạc, thước phim và các liên kết. Khác với blog, nơi tất cả những thứ được viết ra đều có xu hướng đi kèm với vài đoạn trích dẫn, nhận định và các liên kết thừa, ở tumblelog mỗi “bài viết” chỉ mang một loại nội dung. Một bức ảnh thú vị hoặc một liên kết đơn lẻ. Có thể có một dòng bình luận, nhưng hiếm khi nhiều hơn.
• Các tumblelogger thích sự đa dạng. Những thứ họ gửi hòa trộn với nhau, bài này nối tiếp bài khác, theo thứ tự bộc phát từ bên trong não bộ. Không cần phải thiết lập trật tự, sắp xếp phân loại hay gắn từ khóa. Cái gì đã xong thì cho xong - mỗi bài được gửi lên và bị đẩy xuống bởi bài kế tiếp. Nội dung được tumblelogging phù du như mọi thứ trên web. Hôm nay chúng quan trọng nhưng ngày mai chúng sẽ rơi vào quên lãng.
• Điều này là minh chứng cho sự thật là con người ngày càng trở nên lười và chịu áp lực lớn về thời gian (bận rộn hơn). Tuy nhiên, trong điều kiện khắc nghiệt như vậy, nhu cầu "viết cho não phát triển" vẫn tồn tại mạnh mẽ. => kết luận này đã là động lực để tủ sách VLOS cài đặt thêm tool "viết note nhanh" để mà chạy trước xu hướng.

• Biển là một hệ sinh thái tự nhiên lớn nhất địa cầu vì hơn 70% bề mặt trái đất được bao phủ bởi nước. Với mức đa dạng sinh học cao thì các vi sinh vật biển đóng vai trò quan trọng đối với vòng tuần hoàn sinh địa hóa các nguyên tố cơ bản. Những vi sinh vật này có thể tìm thấy ở bất kỳ ngõ ngách nào ở đại dương từ trên bề mặt đến dưới thềm đáy biển, trên các cơ thể sinh vật biển hay cả giữa những dòng hải lưu.
• Dưới 5% số tế bào vi khuẩn quan sát được ở các mẫu sinh vật lấy từ biển là có thể phát triển trong các môi trường nuôi cấy nhân tạo. Và người ta ước tính rằng số vi khuẩn biển hiện giờ đã có thể nuôi cấy và phân lập chỉ chiếm dưới 1% số loài trong thực tế. Việc phát triển những kỹ thuật, thiết bị nuôi cấy nhằm bắt chước tốt nhất môi trường biển tự nhiên là thách thức hiện giờ đối với các nhà sinh học biển.
• Những hiểu biết hiện giờ về cuộc sống của những vi sinh vật biển trong những hệ sinh thái tự nhiên của chúng là còn rất hạn chế. Những dự án giải mã genome và các kỹ thuật phân tích chức năng gene là những công cụ hữu ích để chúng ta có thể giải đáp những phương thức thích nghi mà các loài sinh vật này đã tiến hóa nhằm đối phó với những thách thức chọn lọc tự nhiên đến từ môi trường sống.
• Luôn phải chịu đựng trong điều kiện đói dinh dưỡng chính là một đặc điểm đặc trưng của môi trường sống trong đại dương. Để đối phó, các loài vi khuẩn biển quan trọng duy trì một tốc độ tăng trưởng rất rùa bò (xem thêm). Tuy nhiên, một số vi khuẩn biển khác lại là những sinh vật "cơ hội" có tốc độ sinh trưởng siêu nhanh khi gặp điều kiện thuận lợi. Điều này có nghĩa là chỉ cần xem tốc độ sinh trưởng trong môi trường giàu dinh dưỡng là có thể quyết định loài vi khuẩn này thích hợp với nhóm nào. Loài "rùa bò" thường được coi là mang những đặc tính sinh lý cạnh tranh và thích nghi tốt hơn.
• Các nghiên cứu proteomic hiện nay đều phải tiến hành trên điều kiện nuôi cấy nhân tạo do đó có những khó khăn nhất định khi tìm hiểu những tương tác tự nhiên của các vi sinh vật biển. Điều gì có thể giúp cải thiện những nghiên cứu này?
• Trong kỷ nguyên phát triển chóng mặt của các dự liệu gene, một lượng lớn các gene được chú giải là "chưa rõ chức năng" (unknown function). Bên cạnh kỹ thuật phân tích chức năng truyền thống và tiêu tốn thời gian (biến nạp gene vào vi khuẩn model và khảo sát chức năng riêng biệt), những phân tích proteomic được thiết kế hợp lý sẽ cung cấp những thông tin hữu ích về vai trò sinh lý chức năng của những nhóm protein này và là tiền đề cho các khảo sát chi tiết tiếp theo.

Wiki và các database cho sinh học

1. News feature: WikiMedia Nature Medicine 2007 => không hài lòng với hệ thống wiki được điều hành bởi những người ít chuyên môn (Wikipedia), các nhà khoa học muốn tạo một từ điển wiki chuyên môn sâu
2. Key biology databases go wiki Nature 2007
3. The database revolution Nature 2007
4. http://www.wikiprofessional.info/
5. Blog của Steven Salzberg tác giả Genome re-annotation: a wiki solution? trên GenomeBiology 2007
6. Blog:Wikis for genome (re)annotation
7. Quote: So if we can't always trust GenBank®, what can we do? Clearly we cannot just ignore it.
8. Calling on a million minds for community annotation in WikiProteins GenomeBiology 2008 => combine text mining and other database trawling (Medline, GO, UniProt and others), distill some concept maps from that (Knowlets, they call them) and invite scientists to chip in via a wiki (